Уголовное дело в отношении Макарова и его родственницы - директора ОАО "Томсктрансстрой" Нины Егоренковой, было возбуждено 6 декабря 2006 года. Советский суд Томска избрал для Макарова меру пресечения в виде содержания под стражей и временно отстранил Макарова от должности мэра. Прокуратура предъявила бывшему мэру Томска обвинение в злоупотребление должностными полномочиями и соучастии в вымогательстве в особо крупном размере. Кроме того, прокуратура Томской области расследует уголовное дело в отношении Макарова по факту хранения наркотических средств (опия) в особо крупном размере.
Макаров еще до ареста заявлял о своем намерении баллотироваться в думу Томской области на ближайших выборах. Сразу же после ареста он подтвердил это намерение. В Томске 8 февраля избирательная комиссия зарегистрировала кандидатом в депутаты Государственной думы Томской области по Центральному одномандатному избирательному округу № 4 руководителя томского отделения ОГФ Ивана Тютрина и отказала в регистрации бывшему мэру Александру Макарову. Комиссия указала, что предоставленная Макаровым копия паспорта содержит не все требуемые листы, а в заявлении о намерении участвовать в выборах отсутствуют сведения о месте рождения и постоянном месте жительства Макарова.
